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Situados en plena naturaleza
Este municipio se encuentra en el extremo suroeste de la bahía de Santander, considerada el mayor estuario de Cantabria (la intervención humana ha modificado la antigua línea de costa), formado durante la regresión wurmiense, a la cual desembocan varias rías, una de ellas llamada de Solía es límite norte de Villaescusa y está alimentada por el río de la Mina y el arroyo de Obregón, que recorre buena parte del valle. Esta ría, colmatada por los lodos resultantes del lavado de mineral de las minas cercanas, ofrece un paisaje de cañaverales, juncales y carrizales.
El sector oriental de Villaescusa está comprendido dentro del Macizo de Peña Cabarga, una sierra costera localizada al sur de la bahía de Santander, en el centro de la línea de costa cántabra, que se extiende también por los municipios de Medio Cudeyo, Liérganes y Penagos. En el extremo sur se encuentra el pico de Cabarga (también llamada Pico Llen), de 568 m de altura, mirador natural desde el cual puede abarcarse buena parte de la comunidad autónoma. A aquel se suceden, en dirección oeste, los altos de El Rodadero (364 m), punto de unión de los cuatro municipios, Alto Castril Negro (455 m) y Coto Mayor (309 m). Se trata de un macizo calizo karstificado y fue catalogado en 1983 punto de interés geológico por el Instituto Geológico Minero.
